مجموعه تاریخی شهدای فهرج در فاصله یک کیلومتری روستای فهرج قرار دارد. این مجموعه با قدمتی تاریخی که به دوران صدر اسلام بازمیگردد. در زمان ورود اعراب مسلمان به ایران، قریههای فهرج فرا (فرافر) و خویدک وجود داشته و آباد بودند. چون مسلمانان از اصفهان حرکت کردند. در پی یزدگرد به یزد آمده و از صحرای طبس به سمت خراسان رفتند. آنها در ریگ شتران بیابان طبس راه را گم کرده و پراکنده شدند. بعضی از صحابه و تابعین پس از مشقت زیاد در حدود فهرج از ریگ بیرون آمدند. آنان تا سه روز سخنی نگفته و رفع خستگی کردند؛ روز چهارم مردم فهرج را به اسلام خواندند. اهالی فهرج دو روز مهلت خواسته که به اتفاق یکدیگر با اهل خانه و فرزندان خدمت مسلمانان آمده و اسلام را بپذیرند و سپس از آنان پذیرایی کردند. اهالی فهرج با همدیگر مشورت و قرار کرده به اسلام درآیند. به طلب مردم فرافر و خویدک فرستادند و از آنان مشورت نمودند. ولی مردم فرافر و خویدک آنها را منع کردند و گفتند ما از دین قدیم برنمیگردیم. این مردم اندک هستند و بهتر است، شبیخون زده و آنها را به قتل برسانیم. اهالی فهرج با شنیدن این پیشنهاد از اندیشه خود پشیمان شده و سلاح برداشته و تصمیم به جنگ گرفتند. چون شب از نیمه گذشت، بر سر لشکر اسلام آمدند و به محاربه مشغول شده و بسیاری از صحابه را شهید کردند. پس از این حادثه قریه فرافر به مرور خراب و نابود گشت. روز بعد از جنگ، لشکر مجوس خواستند اجساد را برهنه گردانند اما کشتخوان آن نزدیکی خشک شده، باد و آفتاب برخاست، آفتاب سیاه شد و باد ریگ گرفت. فهرجیان سراسیمه گشته و آنچه با خود داشتند گذاشتند و گریختند. دو شبانه روز این باد و ریگ ادامه داشت و تمام کشتهشدگان زیر ریگ ناپدید شدند؛ چنانچه هیچ اثر ایشان بر روی زمین نماند.
حویطببن هانی خواهرزاده حضرت امیرالمومنین علی (ع)، عمر بن عاصم عبدالله بن عامر کریزه وحشی قاتل بن الحمزه عبدالمطلب و عبدالله تمیمی صاحب پرچم امیرالمومنین و عبدالله بن عمر از شهدای فهرج هستند که نامشان در کتب تاریخی آمده است. مرحوم افشار مزار شهدای اسلام را در اتاقی مستطیل که چندین قبر در آن است نسبت داده است. وی با خوانش سنگ برخی از مقابر تاریخ و نام متوفی را در کتابش آورده که مربوط به سدههای ۸ و ۹ است. از شاخصترین این قبور میتوان به مزار مجدالدینحسن از نوادگان سیدرکنالدین مورخ ۸۸۹ ه.ق. اشاره داشت.
مستوفی بافقی در ذکر ساخت این مجموعه روایت میکند، ۸۰۰ سال پس از واقعه زمانیکه امیرمبارزالدین متوجه کرمان بود به زیارت شهدای فهرج رفت و در مقابل مزار منور، مدرسهای عالی بنا فرمود و آب قنات مریمآباد را در آنجاری کرد. در این مدرسه طعام هر روزهای را برای مستنمندان مقرر نمود. این مجموعه پس از امیرمبارزالدین تا به امروز در حال توسعه بوده و جدای از مدرسه، خانقاه قرن هشتی، مقابر دارای سردر بلند، کاروانسرا، شترخانه، آبانبار است. حیاط گودالباغچه با طرح چهار ایوانی، حصار و برج گرداگرد مجموعه از مشخصههای معماری و درختی خشکیده که ایرج افشار آنرا سرو کهنسال دانسته از ویژگیهای شهدای فهرج میباشد.
مجموعه شهدای فهرج در تاریخ ۱۸ آبان ۱۳۷۸ با شماره ثبت ۲۴۴۴ بهعنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیدهاست.
